总司令立即展开了繁忙的准备工作：巡视海岸和海军、组织远征兵团、研究世界政治局势的一切动态以及英国纳尔逊舰队活动的一切消息。拿破仑几乎ๆ是一个个地选拔远征埃及的士兵。他认识很多士兵，他有着极为惊人的记忆力，他知道哪个士兵勇敢、坚强，但经常饮酒；哪个士兵很聪明、灵敏，但容易疲劳，因为有疝气病。为了使他的军队能在烈火般的阳光下作战，能走过炎热的、一望无边的荒芜的干旱ທ沙漠，他必须挑选能吃苦耐劳、身体健壮的士兵。他还挑选了一批高级军官，贝尔蒂埃继续担任他的参谋长，布律埃斯海军上将担任舰队司令。除此之ใ外，还有克莱贝尔、狄舍、拉纳、贝西埃尔、缪拉、朱诺、达武、马尔蒙等一批著名将军。约瑟芬与前夫的儿子欧仁·博阿尔内也作为拿破仑的随从副官一同前往。
尽管督政府认为进攻法国的老盟友土耳其苏丹的领ๆ地埃及实属不义之举ะ，但还是同意了拿破仑远征埃及的方案。一方面，法国在战胜大6๔强国奥地利之后，迫切要求同反法联盟的重新组织者英国决一雌雄；另一方面，督政府也希望战争吸引住拿破仑的旺盛精力和智慧，以免这个令人妒嫉的、野心勃勃的年轻人在巴黎和自己้作对。督政府早ຉ已看出拿破仑再也不会轻易地服从自己้，签订坎波福米奥和约就是一个ฐ很好的例证。特别是1้７９７年1２月1o日欢迎他凯旋๙的时候，他不像一个年轻的军人那ว样，带着激动的、感激的心情来接受祖国对自己的颂扬，而像一个古代罗马皇帝在一次战争胜利之后去参加奴颜婢膝的议会所组织的庆祝凯旋๙的盛会一样，态度冷淡，阴沉威严，不声不响，把眼前的一切看成是理所当然、司空见惯的事。总之，他的态度十分令人不安。这次远征埃及，正合督政府心愿，如果得胜还朝，督政府可由此巩固自己้的统治。如果战死疆场，督政府可由此去掉一块心病，他们甘愿忍受失去一位才华横溢的将领的损失。远征决定了，1้７９８年３月５日，拿破仑被任命为埃及远征军总司令。
布里埃纳军校并不是一个ฐ令人心旷神怡的地方。那里的纪律异常严厉，老同学总是虐待新学员。这个来自科西嘉、穿着破旧的拿破仑顿ู时成为法国贵族子弟的嘲弄对象。他们嘲笑他的科西嘉ล口音和他那被海风吹得黝黑的皮肤，嘲笑他那贫穷的贵族出身。小小的拿破仑怒不可遏，同那些被他称作为"ิ高贵的小丑"们打了几架，那些贵族子弟这才现这个小个子的拿破仑也不是好惹的。
1้７７９年，夏尔·波拿巴利ำ用他的亲法立场和同科西嘉总督的密切关系，把两个年长的儿子约瑟夫和拿破仑送往法国奥顿中学学习法语。同年春天，1o岁的拿破仑又被转到เ法国东部ຖ布里埃纳城一所公费的军事学校学习。
法国面临的形势是严峻的。1７９８年底，俄、英、奥、西班牙、土耳其、那不勒斯等国组成了第二次反法联盟。策划者和组织者是英国，军事行动的支柱是俄国和奥国。反法联军从意大利ำ、瑞士、荷兰、莱茵地区四个方面进攻法国。1７９９年初，苏沃洛夫率领ๆ的俄奥联军击败意大利的法军，４月底占领了米兰，７月底攻下曼图亚和亚历山大里亚，８月底又在诺维获得了一次决定性胜利，法国著名将领儒贝尔战死，法军损失1２ooo人。意大利北部又成为奥地利的殖民地。战争的失利使人们不禁要问：昔日的胜利ำ者现在哪里？他带领ๆ几万人到哪里去了？把他和几万名法国男ç儿派到遥远的沙漠地区去流血牺牲，而让曾经取得光辉胜利的祖国在自己的边疆蒙受耻辱，这难道符合国家利益吗？法国期待着困守在埃及的拿破仑迅归来。
督政府的勾心斗角、腐败无能ม以及经济困窘加剧了法国各阶层的不满情绪。拿破仑从意大利运到巴๒黎的几百万金币，全被督政府袒护下的官员和投机商私自侵吞。城乡群众继续挨饿，他们提出一个口号：“我们需要一个ฐ能ม够吃上饭的政权。"军队中ณ的士兵缺少鞋袜和粮饷，成千上万的成年人为逃避兵役到处流浪。有产阶级也在责备督政府的昏庸无能ม，因为督政府的内外政策没有给他们带来任何好处。早已销声匿迹的保王党运动，突然又在旺代死灰复燃了，这些保王党竟大胆地在街上喊出"ิ苏沃洛夫万岁！打倒共和国"这样的口号。到เ处都是不安、动乱和不满。督政府５个督政官之间意见冲突，勾心斗角，已无足够的力量来制服各个党派，来平息愤怒的情绪。人们期盼着一个强有力的人物出现，希望他能ม恢复法兰西昔日的平静和荣耀。
拿破仑在弗雷居斯登6的消息不胚而走，人们心中重又出现了美好希望。这个战功卓著的军人，曾把法国国旗插上罗马神殿和金字塔。他的伟大活动、他的辉煌战绩、他对法兰西的忠诚献身精神以及对自由原则ท的肯定态度吸引着众多群众涌向他的身旁้。拿破仑在向巴๒黎的行进途中，受到了当地居民的热情欢迎。人们为ฦ他举行隆重的欢迎仪式，表激动人心的演说，张灯结彩，举ะ行游行，把他当作共和国最优秀的将军来欢迎。
1o月1３日，督政府向议会报告，拿破仑将军已回国，即日将抵达巴黎。议员们全体起立，整个ฐ会场爆出经久不息的暴风雨般的掌声。会议中断了，代表们跑上街头，奔走相告。繁华的巴黎兴奋得像了狂似的，在剧ຕ