所有人都认为玛丽一世不可能怀孕生子了而菲利普二世也已离开英国丢下了他从没爱过的妻子。羞愤难当的玛丽一世终于收起了她的仁慈。从1้555年起她将数以千计的新教徒送上了火刑架这一行为为她赢得了“血腥玛丽”的名声。英国的内政外交也陷入一团混乱ກ玛丽一世遭到贵族、官僚和百姓的一致指责。但即使是陷入这样众叛亲离的局面玛丽一世也没有放弃最后的努力。她一度考虑将王位传给自己的表侄女玛丽斯图亚特以防止自己死后英格兰重新回到异教徒的手中。
在审讯中ณ伊丽莎白再次以自己้的智慧和韧性躲过了一次又一次的盘问。主审官实在没有发现一丁点有关她参与或知晓维埃特叛乱的证据。没有证据玛丽一世也一筹莫展。最终伊丽ษ莎白被释放但被软禁在一处庄园中。
托马斯西摩叛乱ກ影响最大的是他的哥哥爱德华西摩。摄政大人本来就没有什么能力也没有什么势力之所以飞黄腾达完全是因为妹妹简西摩当上了王后还生下了国王。弟弟的叛乱不仅使他损失了本来可能ม支持自己้的力量还让他的威แ信受到了沉重的打击。到1549๗年底当他还在浑然不觉的时候身边的朝臣却已经离心离德投靠了另一个人物。
自从凯瑟琳帕尔死后一度沉寂的流言蜚语再次活跃起来。据传伊丽莎白与托马斯已๐有肌肤之亲甚至还怀过他的孩子。托马斯ั西摩的阴谋就是为了能让伊丽莎白登上王位然后通过与新女王的婚姻执掌大权。
这样的回答反映出玛丽ษ斯图亚特在政治上的不成熟ງ。她缺乏็深思熟ງ虑既没有在说话前考虑过自己应该说什么样的话也没有运用任何技巧修饰只是直通通地说出了自己想说的话。尽管这反映出她率真直爽的个性——这样的个性是很容易招人喜欢的但在政治上却是非常危险的。
156๔1年8月1้9日玛丽斯ั图亚特取道海路回到苏格兰。回到阔别ี了十三年的祖国那ว儿又有什么เ在等着这位十九岁的女王呢？
十六世纪的欧洲君主专制ๆ取代封建贵族制已是大势所趋。英国、西班牙都建立起了强大的君主专制政体在之后的十七、十八世纪法国、俄罗斯ั、普鲁士、奥地利也相继迎来了君主专制ๆ时代。但在苏格兰它过去没有、现在没有、将来也不会真正建立起强大的王权。在苏格兰贵族与国王勾心斗角是一项政治传统。当玛丽斯ั图亚特回到苏格兰时这个传统非但没有停止的迹象反而愈演愈烈。女王的母亲玛丽德吉斯ั王太后去世后詹姆士五世的私生子莫里勋爵掌握了权力成为了新教首领。由于玛丽ษ斯图亚特的天主教信仰和与法国的关系莫里勋爵曾考虑过以詹姆士三世的后代阿兰勋爵取代玛丽斯图亚特为ฦ苏格兰新国王但因政治利益的关系这项阴谋最终胎死腹中。虽然玛丽ษ斯图亚特保住了王位但这件事却再一次地提醒她苏格兰贵族无时无刻๑不在暗中ณ策划阴谋企图夺取她的权力。
苏格兰这种混乱的局面给周边国家插手其内政带来了极大的便利。从12世纪起英格兰国王便与苏格兰某些反对国王的贵族暗中联系支持他们反对自己的君王。英格兰历代国王的这项政策曾结出过丰硕的果实爱德华一世曾利用苏格兰女王玛格丽特一世死后众贵族争位的时机一举占领ๆ苏格兰——《勇敢的心》表现的就是这段历史背景。到了玛丽斯图亚特的父亲詹姆士五世时代苏格兰选择与法国结盟因为法国也是英国的宿敌。敌人的敌人就是朋友于是这两个ฐ国家联合起来。每当英国欲渡海袭击法国苏格兰就会在边境蠢蠢欲动；每当英国图谋进攻苏格兰法军就会集结起来。当然苏格兰也在一定程度上沦为了法国的保护国。所以詹姆士五世才不得不舍弃莫里勋爵的母亲以便能ม和法国公主结婚保障法苏同盟。现在《爱丁堡和约》终止了法苏同盟关系但苏格兰贵族却迎回了他们在法国长大、拥有法国贵族血统的玛丽斯ั图亚特女王。这样的局面的确很微妙。
除了和法国的关系苏格兰贵族还担心女王的天主ว教背景会使苏格兰的天主教势力死灰复燃。那是个狂热的信仰时代。因为信仰哪个ฐ上帝ຓ的问题苏格兰已๐经分裂成了两ä部分彼此之间你死我活。更重要的是选择哪种宗教信仰意味着选择何种发展道路天主教代表传统农业和封建贵族制；新教代表近代工商业和君主专制。何况苏格兰新า教贵族已经成为了执掌这个国家大权的实力集团他们又怎会眼睁睁地看着信仰天主ว教的女王夺走他们的既得利益呢？
尽管有这些威胁但玛丽ษ斯图亚特在一开始还是得到เ了贵族的拥戴。她与异母哥哥莫里勋爵相处得很好关系很和谐。因为她知道莫里勋爵的财富、权势和关系已๐使得他成为了苏格兰的无冕之ใ王；而她一个在外国生活了十三年的年轻女王无根无基无权无势根本无法与莫里勋爵抗衡。而莫里勋爵又是个ฐ冷静的现实主ว义者他知道自己的私生子身份使他永远都不可能问鼎王位；与其追求不可能得到的东西倒不如与女王和平相处换来将实权牢牢控制ๆ在手中的结果。就这样兄妹俩心照不宣地维持着虚假的和平。
尽管朝廷稳定但玛丽斯图亚特却不得不面对她的宗教信仰给苏格兰带来的麻烦。约翰诺克斯ั苏格兰新教教会的首脑大肆攻击信奉异教的女王。本来玛丽斯ั图亚特已经获得了在王宫中自己的天主ว教礼拜堂作礼